ГИС-проект представляет собой относящуюся к одной пространственно-временной области коллекцию картографических слоев и атрибутивных данных, предназначенных для комплексного анализа. Содержание каждого ГИС-проекта для системы ГеоПроцессор представлено в отдельных папках, включающих данные и служебные файлы.